Obtener la evidencia necesaria para iniciar las acciones judiciales, utilizando  sofisticados equipos y las más modernas técnicas de investigación criminal, a los fines de preservar la confianza del  pueblo en el Sistema Judicial de Puerto Rico.  

• Investigar, determinar y evaluar la naturaleza y extensión de la actividad criminal organizada, en relación con el tráfico, uso y posesión de narcóticos, marihuana, LSD y drogas peligrosas.
  

• Y en relación con el juego, especialmente en lo que se refiere a  hipódromos, lotería y casinos, la prostitución y otras actividades relacionadas con el Crimen Organizado.

• Actuar como organismo de enlace entre el Estado Libre Asociado, la Policía Internacional (INTERPOL) y otros organismos de investigación del extranjero.

• Investigar actos de corrupción de funcionarios públicos que afecten el  buen funcionamiento del Gobierno, según el criterio del Director.

• Investigar muertes y/o agresiones a empleados o  funcionarios públicos en el ejercicio de sus funciones, deberes y obligaciones.

• Destrucción o daños a propiedad pública.

• Malversación, robo o cualquier apropiación ilegal de fondos públicos.

• Falsificación de documentos públicos o certificaciones falsas expedidas por funcionarios públicos.

• La omisión o negligencia de funcionarios públicos en el cumplimiento del deber, cuando dicha omisión o negligencia esté establecida  como delito en una Ley especial o  en el Código Penal de Puerto Rico

• Investigar alegaciones de corrupción, irregularidades, conducta impropia que afecte la integridad del Gobierno, de empleados o funcionarios públicos en cualquier contrato, negociación o acto del Estado Libre Asociado de Puerto Rico.

• Investigar los casos en que se impute mal uso o abuso de autoridad a un miembro de la Policía de Puerto Rico. El Negociado de Investigaciones Especiales adoptará, mediante  reglamento, el procedimiento para  la  investigación de estos casos.

• El Negociado recibe querellas o solicitudes de investigación de cualquier persona que estime haya ocurrido un delito del cual tiene jurisdicción el NIE.  El Director tiene facultad para ordenar que se entrevisten testigos adicionales, se examinen documentos o se analice evidencia con miras a determinar si procede iniciar una investigación formal sobre los hechos relatados en la querella. 

• Toda la información bajo custodia, proveniente de las investigaciones, entrevistas, querellas u otras fuentes,  estarán clasificadas en categoría de CONFIDENCIALIDAD por un término de (30) treinta años.

• El Director del NIE, es quien  único puede ofrecer  información sobre los casos bajo  investigación, con la previa autorización del Secretario de Justicia o el Gobernador.w